Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Επιστήμη των Υπολογιστών» ιδρύθηκε το 2002, στοχεύοντας στην παροχή υψηλού επιπέδου και μεγάλου εύρους μεταπτυχιακών σπουδών στο γνωστικό πεδίο της Επιστήμης των Υπολογιστών.

Κατά την αρχική φάση λειτουργίας του (Ιούνιος 2003-Αύγουστος 2006) το Πρόγραμμα λειτούργησε με συγχρηματοδότηση από την Ευρωπαϊκή Ένωση και το Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων στα πλαίσια του ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ.